Vystudoval Státní konzervatoř v Praze (varhany a dirigování). Zažil éru divadla Semafor, kam nastoupil jako klavírista. V oblasti showbyznysu je asi nejvíce známá jeho spolupráce s Petrou Černockou a skupinou Kardinálové.
V 80. letech nastoupil na pražskou HAMU a po absolvování katedry skladby se věnoval vlastním hudebním projektům s různými partnery. V pražské Redutě prezentoval dva autorské programy Trochu jinak (s Petrou Janů) a Premiéra (se Zorou Jandovou). V té době spolupracoval také s Hanou Hegerovou a uváděl publicistický program o hudbě v Československé televizi.
Napsal několik desítek filmových a televizních partitur, mnoho písní, dva balety a několik komorních i symfonických skladeb. V posledních dvaceti letech napsal s libretistou Stanislavem Mošou devět původních muzikálů pro MdB - Sny svatojánských nocí (sedm let také uváděno u Křižíkovy fontány na pražském Výstavišti), Bastard (tři letní sezóny uváděno v ND v Praze), Babylon, Svět plný andělů (tři letní sezóny v Divadle na Vinohradech), dětský muzikál Zahrada divů, hudebně dramatickou trilogii Peklo, Očistec a Ráj a rodinný muzikál Pohádka o živé vodě. Společně se Zorou Jandovou napsali muzikál Nahá múza a s Jiřím Žáčkem politickou satiru na motivy Aristofanových Ptáků - Ptákoviny které byly rovněž uváděny na scéně MdB. Za partitury muzikálů Babylon a Svět plný andělů byl nominován na Cenu Alfréda Radoka.
V roce 1996 mělo premiéru představení Casanova v Laterně magice (scénář a režie Juraj Jakubisko), ke kterému napsal hudbu. V prosinci 2004 uvedlo Divadlo J.K. Tyla v Plzni jeho operetu Ferdinand (libreto Karel Šíp) a v březnu 2005 Státní opera v Praze jeho a Mošovu operu La Roulette. Od září 2006 uvádělo MdB také jeho a Šípovu operetu Ferdinand kd`Este?.
V roce 1997 byl spoluproducentem prvního českého uvedení Mše Leonarda Bernsteina na Pražském hradě (dirigent C. Richter, režie S. Moša) - na scénickém uvedení tohoto díla se znovu podílel v roce 2001 na festivalu Moravský podzim, a v roce 2016 v produkci Vojty Dyka. Věnuje se také hudbě filmové, v posledních letech spolupracoval například na filmech Summer with Ghosts, Hranaři, Probudím se včera nebo Zločin v Polné, Monstrum a Past.
Napsal tři knížky – Pražská svatba a jiné erotické povídky, Křížem krážem a Hudba je zázrak. Vydal klavírní autorské CD Zdenek Merta u klavíru. Příležitostně publikuje v různých periodikách.
Patří mezi výrazně všestranné hudebníky - mezi jeho aktivity patří autorská i producentská spolupráce se Zorou Jandovou na projektu písniček pro děti Ryba z Havaje, stejně jako autorství symfonického obrazu The Last Century (Ze starého světa) nebo skladeb Tance století pro trubku a orchestr, Koncert pro elektrickou kytaru a orchestr nebo Concerto For Nina Fingers pro hoboj a orchestr. Jeho symfonický obraz The Last Century (Ze starého světa) v lednu 2010 zahrála Filharmonie Brno s dirigentem Casparem Richterem, skladba Via Lucis pro sbor a orchestr byla premiérově provedena v roce 2004 ve Smolném chrámu v Petrohradě. Jeho posledním symfonickým projektem je cyklus Zodiac, který uvede MdB na Velikonočních koncertech v dubnu 2025.
Jeho pořad Zdenek Merta u klavíru najdete zde https://www.youtube.com/watch?v=fPl5P1K-i7U.
